All4biodiversity is onderverdeeld in drie fasen van twee jaar, van 2020 tot 2025.

Fase 1

Testen van de gebiedsgerichte aanpak in zeven pilotregio's (15 Natura 2000-gebieden en omliggende gebieden).

Fase 2

Vanaf 2022 zal de gebiedsgerichte aanpak verder worden ontwikkeld en toegepast in 44 Natura 2000-gebieden (de 15 pilotgebieden plus 29 nieuwe gebieden).

Fase 3

De gebiedsgerichte aanpak toepassen op alle overige Natura 2000-gebieden, zodat uiteindelijk alle 167 Natura 2000-gebieden in Nederland worden bestreken binnen de looptijd van dit project.